東北大学応用認知
神経科学センター

fMRIデータの前処理

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ACとPCを結ぶ平面と、矢状断の中心（ほぼ大脳縦裂）の交点が原点

• AC (anterior commisure：下の図の赤い点）
• PC（posterior commisure：下の図の黄色い点）

標準化の過程でほとんどのずれは吸収されるのでやらない人も多い。ただし、構造画像の位置がうまくいかない場合、手動で座標を合わせる必要がある。

最初から全員分座標修正できればよいが、先に前処理を行ってエラーになった実験参加者のみ、修正してから前処理をしなおす方法もある。

 

MATLABからSPMを起動し、Menuの
Displayをクリック

構造（T1）画像を選択し、Doneをクリック

参照：SPMのファイル選択方法

Graphicsに構造画像の

• coronal plane（冠状断）
• sagittal plane（矢状断）
• axial plane（水平断）

が表示される

Originをクリックすると現時点での原点に青い十字が移動する
crosshair positionのｍｍ欄に青い十字の座標位置が“0.0 0.0 0.0”と表示される。

※設定された原点が、著しくMNI座標原点とずれていると標準化がうまくいかなくなる

青十字はクリック、またはクリックしながらマウスをスライドさせることで自由に動かせる。

ツール　＞　ズームインを選択し、
画像上でクリックまたはスクロールすると拡大／縮小できる。
青十字を移動させるときはズームインの✔を解除する。
 

AC-PCラインに基づき、目視で青十字を本来の原点に移動させる。

原点らしいところに青十字を置くことができたら、
Set Originをクリック
原点を更新する。 

※最終的には標準化の際に調整されるので、だいたいでいい
※PCが見つけずらいときは、左右に振ってみると見つかることも多い
 
Set Originができると、crosshaie positionのｍｍでの座標が“0.0 0.0 0.0”になる。   

Reorientで現在の原点を書き換える

Image(s) to reorientウィンドウが表示される。
既に選択している.niiが選ばれていることを確認し、
Doneを押して上書き

上書きしたときに出る
「Save reorientation matrix for future reference?」
はYesとしておくと、移動について.matで保存されるので念のために保存しておく。

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